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Iso Sistemi è stata fondata nel luglio del 1996 a seguito dell'iniziativa di un gruppo di professionisti che hanno ricoperto per oltre vent'anni posizioni di responsabilità presso grandi aziende operanti in un contesto internazionale.
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Nel 1997 iniziano la collaborazione strategica con il Gruppo Danieli per i sistemi informativi e l’automazione in siderurgia a livello internazionale, e con Coop per i sistemi informativi nell'area retail.
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Nel 1998 viene avviato il sistema di automazione di Livello1 per l'area di laminazione a freddo della società Hadeed di Al-Jubail (Arabia Saudita); questa realizzazione inizia un filone di sviluppo relativo alla modellistica siderurgica ed ai sistemi di Livello2 e di Livello1 per la siderurgia internazionale.
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Nel 2000 Iso Sistemi entra nel settore della business intelligence e firma una partnership con SAP BusinessObjects, leader mondiale del settore.
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La collaborazione con gli enti di ricerca è una costante della politica di Iso Sistemi: l’accordo con il Centro Sviluppo Materiali (CSM) di Roma viene firmato nel 2004 e la convenzione per la collaborazione con il Dipartimento di Ingegneria (DIBE) dell’Università di Genova è siglata nel 2006.
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Allo scopo di ampliare l’offerta verso i propri clienti, a fine 2005 Iso Sistemi acquisisce la maggioranza della società BeeCom; a inizio 2006 viene firmata la partnership tra BeeCom e BMC Software per il Business Service Management.
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La collaborazione con il DIBE dà origine nel febbraio 2007 alla fondazione di Smartware & Data Mining, il primo spin off partecipato direttamente dall’Università di Genova.
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Nel luglio del 2009 Iso Sistemi acquista il 100% di BeeCom, rilevando le quote dei soci di minoranza.